L'horloge biologique est une structure se trouvant dans les noyaux suprachiasmatiques. Son activité est très rythmique, avec une activité basse dans la nuit et haute dans la journée. On parle d’activité rythmique endogène avec un cycle proche de 24 heures. Ce cycle est le véritable métronome des mécanismes métaboliques organiques. De cette façon notre température corporelle sera basse la nuit, mais élevée le jour. Le cortisol aura un pic de sécrétion en fin de nuit et sera bas au crépuscule. La majorité des sécrétions hormonales sont rythmiques et contrôlées par les noyaux suprachiasmatiques.
Ce cycle circadien varie d’un individu à l’autre. Certains auront un cycle de 23 heures tandis que d’autres auront un cycle de 25 heures. Il en découle des chronotypes différents. Quelqu’un ayant un cycle court de 23 heures aura un pic de fatigue plus tôt qu’une personne ayant un cycle circadien long, et sera alors un couche tôt. Inversement une personne ayant un cycle circadien de 25 heures sera plutôt un couche tard lève tard.
La régulation ou plutôt la synchronisation de notre horloge interne sur l’alternance du rythme jour-nuit environnemental se fait grâce à la lumière qui passe au niveau de l’oeil. Il existe sur la rétine des cellules appelées cellules ganglionnaires à mélanopsine qui ne permettent pas de voir mais sont responsables de la perception de la lumière. Ainsi elles ne sont pas connectées au cortex visuelle, mais directement aux noyaux suprachiasmatiques. On parle de sensibilité non visuelle avec un pic de stimulation pour des longueurs d’onde à 480 nm. L’influence de la lumière sur notre cycle dépendra donc des caractéristiques de celle-ci : son onde, son intensité, l’heure et la durée d’exposition.
L’effet de la lumière se reflète par la sécrétion de la mélatonine. Cette hormone vient inhiber l’activité des noyaux suprachiasmatiques. Naturellement nous sommes exposés à la lumière le jour et à l’obscurité la nuit, il y aura alors un pic de sécrétion de mélatonine pendant la nuit et une absence de sécrétion durant le jour. En revanche, cette sécrétion sera modifiée en cas de changement de cette alternance lumière obscurité. Une exposition à une forte lumière juste avant le coucher retardera le pic de mélatonine. Une lumière en fin de nuit et au matin avancerons l’horloge.