La flore intestinale est essentielle au maintien des jonctions serrées de la paroie intestinale. Un microbiote déséquilibré n’assurera plus l’intégrité de la barrière intestinale et les flux entre la lumière digestive, et les vaisseaux sanguins se feront alors de manière incontrôlée.
Une perméabilité intestinale accrue aura pour conséquence directe l’augmentation des lipopolysaccharides (LPS) circulant. Ces LPS déclenchent une réponse immunitaire et inflammatoire caractérisée par l’augmentation de cytokines pro-inflammatoires systémiques. (Quin et al 2007). On comprend alors pourquoi plusieurs études rapportent un taux plasmatique de cytokines pro-inflammatoires (IL-6; IL-8; IL-1B; IL-12p40) élevé chez des enfants souffrant de TSA ( Ashwood et al. 2011).
De plus des études post-mortem comparant le liquide cérébro-spinale d'individus atteints de TSA par rapport à des individus sains témoignent d’une activation microgliale et un profil cytokinique pro-inflammatoire excessif chez les sujets malades (Vargas et al. 2005). Or les cytokines, tout comme la microglie, sont essentiels au bon déroulement du développement neurologique. Des perturbations les affectant ont des répercussions néfastes dans ce processus délicat du développement tel que l’autisme.
Une autre conséquence de l’augmentation de perméabilité de la barrière intestinale est la dissémination de toxines bactériennes potentiellement neurotoxiques. Le phénol semble être particulièrement intéressant car spécifique à certaines bactéries et de plus neurotoxique. Les polyphénols sont normalement métabolisés en composés phénoliques simples par le microbiote.
Ensuite ces composés phénoliques simples sont transformés par le foie puis éliminés dans les urines. Cependant il a été mesuré une hausse des composés phénoliques simples dans les selles d’enfants atteints de troubles du développement et notamment d’autisme (De Angelis et al. 2013). Le déséquilibre du microbiote présent chez les enfants autistes altère donc l’élimination de composés neurotoxiques, comme le phénol, qui seront alors libres de se disséminer dans l’organisme.
De manière générale le rôle digestif du microbiote n’est plus fonctionnel en cas de dysbiose. Les changements métaboliques qui en découlent expliquent aussi certains mécanismes de l’autisme. La composition bactérienne des enfants atteints de TSA (Clostridium) favorise la production d’acide propionique et d’autres acides gras à chaîne courte, ainsi que d’acides aminés libres comme le glutamate. Seulement l’acide propionique a la capacité de franchir facilement la paroie digestive, puis la barrière hémato-encéphalique, et induit alors des effets sur le cerveau et le tube digestif. Il impacte avec le glutamate, au niveau du système nerveux central, sur le métabolisme des neurotransmetteurs, sur l’activation immunitaire et l’expression génique. Cliniquement cela s’exprimera par une sphère d’intérêt restreinte et des troubles du comportement social et de la communication que l’on retrouve dans l’autisme. (Shultz et al. 2009, 2008; Thomas et al. 2012)