L’étude aura duré cinq ans et se sera déroulée dans une vingtaine de pays répartis sur trois continents. Le caractère international de cette étude a été nécessaire, afin d’identifier un maximum de coronavirus et de découvrir les espèces hôtes, pour mieux appréhender d’éventuelles épidémies.
En 2002 est apparu pour la première fois le Syndrome Respiratoire Aigu Sévère (SRAS), de la famille des Coronaviridae, et a provoqué une épidémie mondiale l’année suivante. Plus de 8 000 cas sont recensés et fait plus de 800 victimes, surtout en Chine.
Plus virulent, un nouveau coronavirus est découvert dix ans plus tard, nommé le Syndrome Respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV), hautement pathogène et qui tuerait environ un cas sur deux. Provoquant un symptôme de pneumonie aiguë, cette nouvelle maladie a très rapidement inquiété l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) qui l’a ciblé dans leur veille écoépidémiologique.
Bien que les chauves-souris sont à l’origine du MERS-CoV, information confirmée en 2013 par les experts de l’OMS, jusqu’à récemment il n’y avait pas ou peu d’études menées sur la diversité des coronavirus chez les différentes espèces animales.
Avec la coopération des gouvernements locaux, les chercheurs du projet PREDICT - au Center for Infection and Immunity (CII) de l'École de santé publique Mailman de l'Université de Columbia et de l'Université de Californie, One Health Institute école de médecine vétérinaire de Davis - ont échantillonné et testé 19 192 chauves-souris, rongeurs, primates et humains dans les zones où les risques de transmission est le plus important.
Au cours de leur recherche, les scientifiques ont identifié 100 coronavirus différents et ont constaté que plus de 98 % des animaux hôtes étaient des chauves-souris, ce qui représente 282 espèces de chauves-souris issues de 12 familles taxonomiques. En extrapolant ces données aux 1 200 espèces de chauves-souris répertoriées, les chercheurs estiment que plus de 3 000 coronavirus sont portés par ce mammifère dans le monde, dont la plupart n’ont pas été encore identifiés.
« Cette étude comble une énorme lacune dans ce que l'on sait de la diversité des coronavirus chez les animaux », déclare Simon Anthony, professeur adjoint d'épidémiologie au CII. « Tracer la diversité géographique et génétique des coronavirus chez les animaux est une première étape critique vers la compréhension et l'anticipation des virus spécifiques qui pourraient constituer une menace pour la santé humaine ».
Les chercheurs rappellent que les chauves-souris ne doivent en aucun cas être victimes d’un quelconque abattage, puisqu’elles jouent un rôle important dans l’écosystème et que la plupart des coronavirus qu’elles portent sont sans danger pour l’homme.
« Notre objectif est de mettre en lumière l'écologie des interactions virus-hôte pour mieux comprendre et aborder les conditions qui provoquent des épidémies comme le SRAS et MERS », explique l'auteur principal Tracey Goldstein, professeur agrégéau One Health Institute de l'Université de Californie.