Covid-19 : la newsletter du Pr Adnet (N°27- 10 novembre)

Haro sur les visons. Mais pourquoi ? Sinon, un point sur l'isolement social : ça marche mais ça déprime. Et bon point pour le télétravail. Les cas contacts, que deviennent-ils ? Une étude aussi sur la Covid-19 chez l'enfant. Côté vaccins, on croise les doigts pour celui de Pfizer et BioNTech, mais on reste prudent : une étude sur le deuxième variant le plus fréquent du SARS-CoV-2 montre qu'il évolue de telle manière que la réponse immunitaire contre la protéine S (la cible des vaccins) est diminuée. Quant à l'hydroxychloroquine... Rideau !

Frédéric Adnet est professeur agrégé de Médecine d'Urgence et chef des Urgences de l’Hôpital Avicenne et du SAMU 93. À la fois chercheur et médecin, il fait régulièrement le point sur la Covid-19. Après 46 numéros d'une Foire Aux Questions (FAQ) quotidienne, il publie désormais une newsletter hebdomadaire. Nous la reproduisons ici avec son aimable autorisation.

Sa FAQ a connu un succès phénoménal. À l'origine destinée aux professionnels de son service, elle est maintenant traduite en plusieurs langues. Dans son interview, Frédéric Adnet revient sur ce succès et explique son attachement à l'Evidence-based medicine.

Frédéric Adnet est également l'auteur de l'ouvrage Les Fantassins de la République - Urgence COVID, un printemps en enfer, paru en octobre 2020.

INDEX et liste des FAQ / Newsletters

NEWSLETTER N°27 (10 novembre 2020)

ÉPIDÉMIOLOGIE

les visons, pourquoi on leur veut du mal ?

Le SARS-CoV-2 infecte aussi le monde animal non-humain et non-chauve-souris ! Les chats, les chiens, les tigres, les macaques, les furets sont des animaux qui peuvent être infectés. Des transmissions humains-animaux (et réciproquement) ont été décrites.

Au Danemark il y a plus de 1.000 fermes d’élevage de visons, soit plus de 15 millions d’animaux. Le problème, c’est que l’on a mis en évidence une contamination de ces visons par le SARS-CoV-2. Le virus aurait muté dans ce nouveau réservoir animal et il a re-contaminé des éleveurs (N=12). Cette mutation aurait rendu le virus moins sensible à la réponse immunitaire (voir plus haut). Le danger, c’est la propagation de ce variant qui apparaît plus résistant à l’immunité naturelle et surtout à un futur vaccin… L’OMS a donc recommandé l’euthanasie de ces pauvres visons… !

Les enfants : mise au point

Une vaste enquête épidémiologique sur les enfants atteints de la Covid-19 dans 49 États des USA vient d‘être publiée (American Academy of pediatrics, 29 octobre 2020).

L’âge était compris entre 0 et 14-20 ans selon la définition des différents États.
L’analyse portait sur un total de 853.635 enfants atteints de la Covid-19 (11% de tous les cas de Covid-19).
L’incidence de la Covid-19 était de 1.134 cas pour 100.000 enfants dans la population générale (1,1%).
Le pourcentage d’hospitalisation se situait entre 0,5% et 6,7%.
La mortalité était comprise entre 0% et 0,14%.

Ainsi nous avons une confirmation que les enfants constituent une population qui porte le virus (1,1%, ce qui est important) mais que la maladie est associée à une gravité très faible : peu d’hospitalisations et une mortalité négligeable.

L’isolement social : ça marche ?

Un travail de modélisation de l’isolement social créé par les mesures de confinement a été publié (Ann Intern Med, 27 octobre 2020). Les déterminants retenus par les auteurs étaient notamment la date de la mise en œuvre des mesures de distanciation sociale (fermeture des bars, confinement, interdiction de rassemblements, masques etc.) et l’adhésion de la population à ces mesures.

Les auteurs ont basé leurs calculs sur les données relatives à l'épidémie et sur l'évolution du nombre d’interactions (contacts) dans la vie sociale, estimé d’après les relevés des téléphones portables. Ils ont étudié trois villes de densité différente (New York, Milwaukee, et Dane, une ville de faible densité).

Les cas de nouveaux Covid-19 étaient pris en compte dans le modèle. Le calcul a montré pour New York qu’une semaine de gagnée sur la décision de distanciation faisait passer le nombre de cas diagnostiqués de 203.261 à 41.366. Une semaine de retard augmentait ce nombre jusqu’à 1,4 millions !

De même, une baisse d’adhésion à ces mesures augmente drastiquement le nombre de contaminations. Pour New York, après deux mois de mise en oeuvre de ces mesures, le nombre de contaminations passe de 248.247 si l’adhésion est de 95% à 2.097.610 avec un taux d’adhésion aux mesures de 85%. Les résultats pour les autres villes allaient dans le même sens mais étaient moins spectaculaires, en raison de la différence de densité de la population ; le réseau social est réduit dans ces régions moins urbaines.

Donc... Ces mesures fonctionnent mais il faut que tout le monde s’y mette ! Et on ne parle que peu des conséquences sociétales désastreuses si elles doivent perdurer.

Schéma : évolution du nombre de cas COVID-19 diagnostiqués en fonction de la date des mesures de distanciation sociale (confinement, limitation des rassemblements, etc.). Le retard d’au moins une semaine a un impact majeur en terme de diffusion de l’épidémie sur ce modèle.

L’isolement social : ça déprime ?

Nous savons que le confinement induit une part de risque sociétal caractérisée par le ralentissement économique, l’augmentation du chômage, la déscolarisation, la pauvreté, et finalement une dégradation des indicateurs de santé publique pour les autres pathologies que la Covid-19. Une étude française vient de mettre l’accent sur les conséquences du confinement pour la santé mentale des étudiants lors de la première vague (17 avril- 4 mai). Ils ont subit les restrictions drastiques pour l’enseignement (JAMA Network, 23 octobre 2020).

Un questionnaire a été envoyé à 1.600.000 étudiants. 69.054 réponses ont été analysées. Ces réponses font froid dans le dos ! Elles révélèrent une prévalence anormalement élevée d’idées suicidaires (11,4%), de présence d’un stress post-traumatique (22,4%), d’un haut niveau de stress (24,7%), d'idées dépressives (16,1%) et d’anxiété (27,5%).

Une conultation auprès d'un professionnel spécialisé a été nécessaire pour 3.675 étudiants (12,4% des réponses). La précarité, le sexe féminin, les personnes non-binaires, les antécédents psychiatriques, l’isolement social et le défaut d’information étaient indépendamment associés à la survenue de ces troubles psychologiques.

À ajouter dans la balance bénéfices/risques pour la décision des mesures de confinement plus ou moins durs.

Le télétravail, ça protège ?

On sait que le masque ça marche, et que l’isolement social aussi. Quid du télétravail ? Une étude vient d’être publiée ; elle concerne 314 personnes qui ont présenté des symptômes évoquant la Covid-19 et sont venues se faire dépister (Morbidity and Mortality Weekly Report, 6 novembre 2020).

153 personnes ont eu un test PCR positif (versus 161 avec un test négatif).
248 personnes au total ont déclaré avoir travaillé dans les deux semaines précédant le test.
110 étaient en télétravail complet ou partiel et 138 se rendaient au bureau régulièrement.
Les personnes en télétravail ont représenté 35% des tests positifs (42/120), et 53% des tests négatifs (68/128).
Ce résultat était toujours significatif après ajustement sur des paramètres confondants (aOR=1,8 ; IC95%[1,2-2,7]).

Le télétravail… Ça marche !

Que deviennent les cas contact ?

Il n’existe pas beaucoup de travaux relatant le devenir des cas contacts. Une vaste étude menée à Singapour vient d‘être publiée sur ce thème (Lancet Infectious Diseases, 2 novembre 2020).

Les auteurs ont suivi 7.700 cas contacts survenus entre le 23 janvier et le 3 avril 2020 : 1.863 à domicile, 2.319 au travail et 3.588 survenus lors d'interactions sociales hors du domicile.
Il y eu 188 PCR positives chez des patients contacts devenus symptomatiques.
La contamination secondaire secondaire était de 5-9% pour les contacts à domicile, 1-3% pour les contacts au travail et 1-3% pour les contacts au cours de relations sociales hors domicile.
Une étude sérologique systématique dans un échantillons de 1.150 cas contacts a permis d‘estimer que les PCR réalisées uniquement suite à l’apparition de symptômes «oubliaient» environ 62% de patients positifs. Cette étude a estimé le taux de patients contacts positifs mais asymptomatiques à 36%.

Les facteurs associés à la contamination des cas contacts au domicile étaient le partage de la chambre à coucher (OR=5,38 ; IC95%[1,82-15,84]) et une conversation de plus de 30 minutes avec le cas index (OR=7,86 ; IC95%[3,86-16,02]).

Parmi les contacts hors domicile, partager un véhicule (OR=3,07 ; IC95%[1,55-6,08]) et mener une conversation de plus de trente minutes (OR=2,67 ; IC95%[1,21-5,88]) étaient identifiés comme facteurs de risque. Le partage d’un repas, ou d’un WC, n’était pas associé à un sur-risque de contamination du cas contact.

VACCINS

Ça se complique !

La plupart des stratégies vaccinales sont basées sur une cible : la protéine S (Spike) du virus SARS-CoV-2 qui s’accroche au récepteur membranaire ACE2 de la cellule pour envahir les cellules et opérer sa funeste mission. Plus précisément, une région de cette protéine (sous-unité S1) appelée le «domaine RBD (Receptor Binding Domain)» se lie et reconnaît le récepteur ACE2. Ce domaine est la cible prioritaire des anticorps naturels et de la plupart des futurs vaccins. Ces types de vaccins seront donc très efficaces à la condition que ce domaine soit stable, et qu’il ne varie pas lors des mutations de ce virus qui malheureusement surviennent régulièrement au cours de son évolution naturelle.

Mauvaise nouvelle ! On sait que le nouveau variant du SARS-CoV-2 actuellement majoritaire est le D614G (Newsletter #9). Ce variant ne modifie pas de manière significative le domaine RBD. Ouf ! Des chercheurs ont voulu savoir si de nouveaux variants pouvant atténuer la réponse immunitaire par modification de la région contenant le RBD : le RBM (Receptor Binding Motif).

Une équipe de biologistes a étudié le variant N439K (variant de la souche sauvage N439), une mutation observée dans 12 pays et qui constitue le deuxième variant le plus fréquent du SARS-CoV-2. Ils ont observé la même virulence (provoque les mêmes formes graves) et une association à des charges virales plus faibles qu'avec D614G ,le variant dominant (bioRxiv, non encore reviewé, 4 novembre 2020). Par contre - et c’est là le problème - le variant N439K modifie de manière significative le RBM, provoquant une baisse importante de la réponse immunitaire efficace des anticorps dirigés contre la protéine S du virus «sauvage».

C’est très embêtant à deux titres : un vaccin pourrait ne plus être efficace contre ces types de mutations et, en cas de vaccination de masse, une sélection naturelle des mutants résistants se produirait inexorablement, réduisant à néant le bénéfice de la dite vaccination ! Pfff !

[Merci au Dr Axel Ellrodt]

Un vaccin bientôt prêt ?

Les laboratoires Pfizer et BioNTech annoncent les résultats préliminaires d’une phase 3 de leur vaccin : le BNT162b2 à base d’ARN messager (communiqué de presse, 9 novembre 2020). Ce vaccin induit une réponse immunitaire dirigée contre la protéine S du SARS-CoV-2. La phase 3 constitue l’essai clinique contre placebo qui statue en «grandeur nature» l’efficacité et la sécurité de médicament. L’essai a déjà inclus 43.543 patients. Il y a eu 94 cas COVID acquis dans cette cohorte et aucun effet secondaire sérieux n’a été déploré.

Dans l’analyse intermédiaire, et avec un recul de sept jour après la deuxième dose (38.995 patients), les auteurs ont évalué l’efficacité à 90% et une protection acquise à J28 après la première injection. Des résultats plus définitifs seront connus dans la troisième semaine de novembre (il faut au moins 164 cas de COVID-19 acquis pour statuer définitivement).

Les labortoires espèrent produire 50 millions de vaccins en 2020 et 1,3 milliards en 2021. Ces résultats révèlent une immunité très précoce, mais on ne connaît toujours pas sa durée !

Bon, on croise les doigts !

[Merci au Dr Axell Ellrodt]

TRAITEMENT

Hydroxychloroquine : bon, on arrête !

Dernier billet concernant l’hydroxychloroquine.
De nouvelles études à haut niveaux de preuves viennent d’être publiées, soulignant l’absence d’efficacité de cette molécule (JAMA, 9 novembre 2020 ; Lancet Rheumatology, 5 novembre 2020 ; NEJM, 8 octobre 2020).

La Food and Drug Association (FDA) a supprimé l’autorisation d’administration de l’hydroxychloroquine pour la Covid-19. L’Organisation Mondiale de la Santé et la National Institutes of Health (NIH) ont stoppé toutes les recherches cliniques sur l’hydroxychloroquine en constatant la moindre absence d’efficacité.

Bon, on arrête d’en parler.